Nižší cena

Na biopaliva se vyplatí jezdit, vedle dalšího, i kvůli jejich nižší ceně. Je garantována osvobozením vysokoprocentních směsí a čistých biopaliv od spotřební daně. Principem daňové podpory je vždy daňová úleva na biosložku obsaženou v palivu. Pro nízkoprocentní přimíchávání biosložky, které je nyní stanoveno na necelých 5% etanolu do klasického benzínu a necelých 7% metylesteru řepkového oleje do motorové nafty, toto osvobození neplatí.

Zatímco cena fosilních paliv se odvíjí od ceny ropy na světových trzích, cena biopaliv závisí hlavně na výši ceny dané potravinářské komodity, ze které je biosložka vyrobena. Nyní je litr vysokoprocentní biopalivo E85 zhruba o 8-9 Kč levnější, než klasický benzín. Litr směsné motorové nafty (SMN 30) i čisté bionafty (B100) stojí asi o 2-4 Kč méně oproti dieselu.

Mezi roky 2007 a 2009 získávali čeští zemědělci podporu z evropských fondů ve výši 45 EUR na hektar, na němž pěstovali energetické plodiny. Mezi ně patřily i ty, které slouží k produkci biopaliv. Jednalo se o tzv. uhlíkový kredit. Evropská komise určila tuto podporu pouze k rozjezdu pěstování a po dvou letech ji ukončila. Důvodem byla nedostatečná stimulace zemědělců z důvodu nízké dotace i její velké administrativní zátěže.